Агенцијом управља Савет Агенције, кога бира Народна скупштина, по основу јавног конкурса, из реда истакнутих стручњака из области енергетике. Савет Агенције чине председник и четири члана, који се бирају на период од пет до седам година. Председник Савета се бира на период од седам година, а по два члана Савета се бирају на период од шест, односно пет година. Савет Агенције за свој рад одговара Народној скупштини.
Имајући у виду послове који су у надлежности Агенције, као и статус реформи енергетског сектора у Србији, Агенција је организована у четири сектора.
Потребaн степен међусобне координације у обављању комплексних мултидисциплинарних послова успостављен је у оквиру хоризонталних тимова који укључују стручњаке из различитих сектора.
У Сектору за енергетско-техничке послове обављају се следећи послови:
1. припрема и анализа енергетско-техничких података и подлога потребних за утврђивање и унапређење методологија за обрачун трошкова прикључка на систем за пренос, транспорт и дистрибуцију енергије и одређивање тарифних елемената за израчунавање цена приступа и коришћења система за пренос, транспорт и дистрибуцију енергије, одређивање тарифних елемената за обрачун електричне енергије, природног гаса и топлотне енергије произведене у термоелектранама-топланама за тарифне купце, као и за доношење и унапређење тарифних система за: обрачун електричне енергије и природног гаса за тарифне купце, приступ и коришћење система за пренос, транспорт и дистрибуцију енергије и објеката за складиштење природног гаса;
2. анализа енергетско-техничких података и планираних инвестиција енергетских субјеката, ради утврђивања максимално одобреног прихода у поступку давања мишљења на цене енергије и услуга, праћење техничких губитака у преносним, транспортним и дистрибутивним системима и иницирање доношења и праћење реализације програма за њихово смањење;
3. унапређење тарифних система ради стимулисања комбиноване производње електричне и топлотне енергије и коришћења обновљивих извора енергије, као и повећања енергетске ефикасности и обезбеђивање ефикасније заштите животне средине, праћење примене мера одрживог развоја енергетике;
4. анализа предлога правила о раду преносног, транспортног и дистрибутивног система и складишног система за природни гас, као и правила о раду тржишта електричне енергије, која предлажу енергетски субјекти, ради давања сагласности Агенције, праћење примене правила и припрема предлога за њихову измену;
5. утврђивање испуњености техничких и других услова за издавање и одузимање лиценце;
6. припрема енергетско-техничких подлога за отварање тржишта енергије и надзор над тржиштем енергије, а нарочито у погледу унапређења конкурентности, примене принципа недискриминације, обезбеђивања слободног приступа преносним капацитетима и унапређења транспарентности;
7. усмеравање активности на побољшању квалитета испоруке електричне енергије и природног гаса и припрема подлога за унапређење система мерења и начина извештавања Агенције;
8. развој база техничких и енергетских података потребних за праћење обављања регулисаних енергетских делатности и пружање стручне помоћи енергетским субјектима у оквиру права и дужности Агенције утврђених законом;
9. учешће у стручном раду регионалних и других међународних и домаћих организација;
10. учешће у изради прописа и других аката за чије доношење је законом овлашћена Агенција и
11. други послови из делокруга рада Агенције по одлуци Савета Агенције.
У Сектору за економско-финансијске послове обављају се следећи послови:
1. израда економско-финансијских подлога за израду тарифних система за обрачун електричне енергије и природног гаса и тарифних система за приступ и коришћење система за пренос, транспорт и дистрибуцију енергије, као и складиштења природног гаса,
2. израда економско-финансијских показатеља за процену трошкова енергетских субјеката и других економских параметара за израду методологије за одређивање тарифних елемената за обрачун цена електричне енергије, природног гаса, топлотне енергије и транспорт нафте и деривата нафте и за израду критеријума, односно методологије за обрачун трошкова прикључка на систем за пренос, транспорт и дистрибуцију енергије, обрада елемената за оцену економских услова који чине садржину правила о раду преносног и дистрибутивног система и складишног система за природни гас,
3. прибављање, обрада и анализа економских показатеља о пословању енергетских субјеката у вези са обављањем њихове делатности и потребним улагањима у изградњу, одржавање и ревитализацију енергетских објеката,
4. аналитичка процена економских показатеља на основу којих енергетски субјекти образују цене енергије и услуга за тарифне купце, у поступку давање мишљења Агенције на акт о образовању цена,
5. унапређивање процеса регулације и увођење нових метода из домена економско-финансијских послова,
6. израда економско-финансијске аналитичке и статистичке основе за праћење пословања регулисаних предузећа,
7. хармонизација економско-финансијских података са земљама у региону,
8. сарадња и извештавање регионалних регулаторних тела из домена пословања сектора,
9. утврђивање и давање оцене о испуњености економско-финансијских услова енергетских субјеката у поступку издавања и одузимања лиценци,
10. утврђивање економско-финансијских параметара на основу којих Агенција утврђује висину накнаде за издавање лиценце,
11. учешће у изради прописа и других аката за чије доношење је, законом, овлашћена Агенција, као и
12. други послови из делокруга рада Агенције по одлуци Савета.
У Сектору за правне послове обављају се следећи послови:
1. нормативно-правни послови на:изради тарифних система за обрачун електричне енергије и природног гаса за тарифне купце и за приступ и коришћење система за пренос, транспорт и дистрибуцију енергије и складиштење природног гаса, изради методологија, критеријума и других правних аката за чије доношење је овлашћена Агенција, изради одлука и других правних аката за давање сагласности на правила о раду оператора система, давање мишљења на акта којима се утврђују цене енергије и о примени аката које доноси Агенција, учествовање у изради аката облигационо-правног карактера закључених у оквиру редовног пословања Агенције (уговори, споразуми,пораванања и сл.), као и праћењу њиховог извршавања , послове везане за праћење прописа који имају непосредно значај или су од посредног утицаја за рад Агенције и давање стручних мишљења ради обавештавања Савета и запослених у Агенцији;
2. управни и други правни послови који се односе на: издавање и одузимању лиценци, одлучивање по жалбама изјављеним на акта енергетских субјеката о одбијању прикључка на систем, одлучивање по жалбама изјављеним на акте оператора система о одбијању приступа на систем за пренос, транспосрт и дистрибуцију енергије, односно складиштење природног гаса, припрему правних аката о утврђивању услова за стицање статуса квалификованог купца, послове везане за радно-правне односе и људске ресурсе и друге правне послове везане за рад Агенције и Савета Агенције;
3. системско-правни послови на: припреми аналитичке основе за утврђивање правног оквира за регулисање питања и односа из делокруга рада Агенције, анализи прописа Европске уније из области енергетике, споразума и других аката облигационо-правног карактера закључених на регионалном нивоу или између енергетских субјеката, изради дела програма рада Агенције, извештаја о раду, финансијског плана и других аката са становишта системско правних решења и њихове правне обраде и други правни послови који се обављају у процесу рада и пословања Агенције;
4. заступање Агенције у споровима пред судовима и другим државним ораганима,
5. пружање стручне помоћи енергетским субјектима у оквиру права и дужности Агенције утврђених законом, као и
6. други послови из делокруга рада Агенције по одлуци Савета.
У Сектору за организационе и опште послове обављају се следећи послови:
1. израда правилника, одлука, упутстава, смерница и других правних аката којима се уређује рад и пословање Агенције, остварују права и обавезе запослених из радног односа, спроводе прописи из области рада и заштите здравља на раду, припрема и спроводи поступак јавних набавки, управљање кадровима,
2. односи са јавношћу,
3. припрема материјала који се разматрају на седницама Савета Агенције и извршавање оперативних и других административних послова за потребе рада Савета Агенције,
4. развој, имплементација и одржавање информационог система, одржавање и унапређивање софтвера, техничка подршка корисницима система и израда и одржавање веб-странице Агенције,
5. јавне набавке,
6. успостављање и вођење евиденција пријема поднесака, њихово класификовање и распоређивање организационим јединицама, архивирање предмета по завршетку обраде, експедиција донетих аката подносиоцима захтева, односно субјектима на које се односе,
7. рачуноводствено-финансијски послови за потребе Агенције,
8. спровођење поступка објављивања аката који подлежу, према Статуту или по одлуци Савета Агенције јавном објављивању,
9. организовање курирске службе,
10. организовање, евидентирање и чување прописа, судксе праксе, стручних публикација и других стручних материјала и обављање других административних послова,
11. други послови из делокруга рада Агенције по одлуци Савета.