Рад Агенције се финансира из прихода остварених од накнада за лиценце за обављање енергетских делатности, дела цене за приступ систему, као и других прихода које оствари у обављању послова из своје надлежности у складу са законом. Агенција може добијати средства и из донација, осим из донација енергетских субјеката или са тим субјектима повезаних лица.
Укупни приходи и расходи Агенције се утврђују годишњим финансијским планом Агенције, на који сагласност даје Народна скупштина.
Председник и чланови Савета најмање једном годишње достављају Народној скупштини Извештај о раду Агенције, који садржи и податке о финансијском пословању верификоване од стране независног ревизора, као и извештај о стању у енергетском сектору Републике Србије у оквиру надлежности Агенције.
Оснивање и рад Агенције за енергетику у прве две године донацијом је помогла Европска Унија преко Европске агенције за реконструкцију, у складу са Уговором потписаним 29. јула 2005. године.