Žalba se podnosi Agenciji preko prvostepenog organa (energetskog subjekta koji je doneo prvostepenu odluku – rešenje) i predaje se neposredno energetskom subjektu koji je doneo odluku u prvom stepenu ili mu se šalje poštom.
Rok za žalbu na upravne odluke – rešenja ili zaključke, kojima je odlučeno po zahtevu za priključenje na sisteme za prenos, odnosno transport i distribuciju električne energije i prirodnog gasa, je 15 dana od dana dostavljanja prvostepene odluke (član 120.stav 5, član 142.stav 3 i član 266,stav 3. Zakona o energetici). Rok za žalbu na upravne odluke kojima je odbijen pristup navedenim i sistemima za transport nafte naftovodima i derivata nafte produktovodima, kao i sistemu za skladištenje prirodnog gasa je 8 dana od dana dostavljanja prvostepene odluke – rešenja (član 161.stav 5, član332, stav4. i član 285. stav 6. Zakona o energetici).
Ukoliko je žalba predata ili poslata neposredno Agenciji drugostepenom organu, u pogledu roka smatra se kao da je predata prvostepenom organu. Agencija je odmah šalje prvostepenom organu na ispitivanje, a dalji postupak se u svemu sprovodi u skladu sa zakonom.
Odluku po žalbi Agencija donosi najkasnije u roku od dva meseca od predaje žalbe.
Ova odluka je konačna u upravnom postupku. Protiv nje se može pokrenuti upravni spor tužbom pred Upravnim sudom u roku od 30 dana od dana prijema odluke Agencije, u skladu sa Zakonom o upravnim sporovima ("Službeni list SRJ", broj 111/09).
Prema Zakonu o republičkim administrativnim taksama („Službeni glasnik RS“, 43/03, 51/03, 53/04, 42/05, 61/05, 101/05, 42/06, 47/07, 54/08, 5/09, 54/09, 35/10, 70/11 55/12, 93/12, 47/13, 57/14, 45/13, 83/15 i 62/21), podnosilac žalbe je obavezan da prilikom podnošenja žalbe uplati republičku administrativnu taksu u iznosu od 490,00 dinara.