Rad Agencije se finansira iz prihoda ostvarenih od naknada za licence za obavljanje energetskih delatnosti, dela cene za pristup sistemu, kao i drugih prihoda koje ostvari u obavljanju poslova iz svoje nadležnosti u skladu sa zakonom. Agencija može dobijati sredstva i iz donacija, osim iz donacija energetskih subjekata ili sa tim subjektima povezanih lica.
Ukupni prihodi i rashodi Agencije se utvrđuju godišnjim finansijskim planom Agencije, na koji saglasnost daje Narodna skupština.
Predsednik i članovi Saveta najmanje jednom godišnje dostavljaju Narodnoj skupštini Izveštaj o radu Agencije, koji sadrži i podatke o finansijskom poslovanju verifikovane od strane nezavisnog revizora, kao i izveštaj o stanju u energetskom sektoru Republike Srbije u okviru nadležnosti Agencije.
Osnivanje i rad Agencije za energetiku u prve dve godine donacijom je pomogla Evropska Unija preko Evropske agencije za rekonstrukciju, u skladu sa Ugovorom potpisanim 29. jula 2005. godine.