Agencijom upravlja Savet Agencije, koga bira Narodna skupština, po osnovu javnog konkursa, iz reda istaknutih stručnjaka iz oblasti energetike. Savet Agencije čine predsednik i četiri člana, koji se biraju na period od pet do sedam godina. Predsednik Saveta se bira na period od sedam godina, a po dva člana Saveta se biraju na period od šest, odnosno pet godina. Savet Agencije za svoj rad odgovara Narodnoj skupštini.
Imajući u vidu poslove koji su u nadležnosti Agencije, kao i status reformi energetskog sektora u Srbiji, Agencija je organizovana u četiri sektora.
Potreban stepen međusobne koordinacije u obavljanju kompleksnih multidisciplinarnih poslova uspostavljen je u okviru horizontalnih timova koji uključuju stručnjake iz različitih sektora.
U Sektoru za energetsko-tehničke poslove obavljaju se sledeći poslovi:
1. priprema i analiza energetsko-tehničkih podataka i podloga potrebnih za utvrđivanje i unapređenje metodologija za obračun troškova priključka na sistem za prenos, transport i distribuciju energije i određivanje tarifnih elemenata za izračunavanje cena pristupa i korišćenja sistema za prenos, transport i distribuciju energije, određivanje tarifnih elemenata za obračun električne energije, prirodnog gasa i toplotne energije proizvedene u termoelektranama-toplanama za tarifne kupce, kao i za donošenje i unapređenje tarifnih sistema za: obračun električne energije i prirodnog gasa za tarifne kupce, pristup i korišćenje sistema za prenos, transport i distribuciju energije i objekata za skladištenje prirodnog gasa;
2. analiza energetsko-tehničkih podataka i planiranih investicija energetskih subjekata, radi utvrđivanja maksimalno odobrenog prihoda u postupku davanja mišljenja na cene energije i usluga, praćenje tehničkih gubitaka u prenosnim, transportnim i distributivnim sistemima i iniciranje donošenja i praćenje realizacije programa za njihovo smanjenje;
3. unapređenje tarifnih sistema radi stimulisanja kombinovane proizvodnje električne i toplotne energije i korišćenja obnovljivih izvora energije, kao i povećanja energetske efikasnosti i obezbeđivanje efikasnije zaštite životne sredine, praćenje primene mera održivog razvoja energetike;
4. analiza predloga pravila o radu prenosnog, transportnog i distributivnog sistema i skladišnog sistema za prirodni gas, kao i pravila o radu tržišta električne energije, koja predlažu energetski subjekti, radi davanja saglasnosti Agencije, praćenje primene pravila i priprema predloga za njihovu izmenu;
5. utvrđivanje ispunjenosti tehničkih i drugih uslova za izdavanje i oduzimanje licence;
6. priprema energetsko-tehničkih podloga za otvaranje tržišta energije i nadzor nad tržištem energije, a naročito u pogledu unapređenja konkurentnosti, primene principa nediskriminacije, obezbeđivanja slobodnog pristupa prenosnim kapacitetima i unapređenja transparentnosti;
7. usmeravanje aktivnosti na poboljšanju kvaliteta isporuke električne energije i prirodnog gasa i priprema podloga za unapređenje sistema merenja i načina izveštavanja Agencije;
8. razvoj baza tehničkih i energetskih podataka potrebnih za praćenje obavljanja regulisanih energetskih delatnosti i pružanje stručne pomoći energetskim subjektima u okviru prava i dužnosti Agencije utvrđenih zakonom;
9. učešće u stručnom radu regionalnih i drugih međunarodnih i domaćih organizacija;
10. učešće u izradi propisa i drugih akata za čije donošenje je zakonom ovlašćena Agencija i
11. drugi poslovi iz delokruga rada Agencije po odluci Saveta Agencije.
U Sektoru za ekonomsko-finansijske poslove obavljaju se sledeći poslovi:
1. izrada ekonomsko-finansijskih podloga za izradu tarifnih sistema za obračun električne energije i prirodnog gasa i tarifnih sistema za pristup i korišćenje sistema za prenos, transport i distribuciju energije, kao i skladištenja prirodnog gasa,
2. izrada ekonomsko-finansijskih pokazatelja za procenu troškova energetskih subjekata i drugih ekonomskih parametara za izradu metodologije za određivanje tarifnih elemenata za obračun cena električne energije, prirodnog gasa, toplotne energije i transport nafte i derivata nafte i za izradu kriterijuma, odnosno metodologije za obračun troškova priključka na sistem za prenos, transport i distribuciju energije, obrada elemenata za ocenu ekonomskih uslova koji čine sadržinu pravila o radu prenosnog i distributivnog sistema i skladišnog sistema za prirodni gas,
3. pribavljanje, obrada i analiza ekonomskih pokazatelja o poslovanju energetskih subjekata u vezi sa obavljanjem njihove delatnosti i potrebnim ulaganjima u izgradnju, održavanje i revitalizaciju energetskih objekata,
4. analitička procena ekonomskih pokazatelja na osnovu kojih energetski subjekti obrazuju cene energije i usluga za tarifne kupce, u postupku davanje mišljenja Agencije na akt o obrazovanju cena,
5. unapređivanje procesa regulacije i uvođenje novih metoda iz domena ekonomsko-finansijskih poslova,
6. izrada ekonomsko-finansijske analitičke i statističke osnove za praćenje poslovanja regulisanih preduzeća,
7. harmonizacija ekonomsko-finansijskih podataka sa zemljama u regionu,
8. saradnja i izveštavanje regionalnih regulatornih tela iz domena poslovanja sektora,
9. utvrđivanje i davanje ocene o ispunjenosti ekonomsko-finansijskih uslova energetskih subjekata u postupku izdavanja i oduzimanja licenci,
10. utvrđivanje ekonomsko-finansijskih parametara na osnovu kojih Agencija utvrđuje visinu naknade za izdavanje licence,
11. učešće u izradi propisa i drugih akata za čije donošenje je, zakonom, ovlašćena Agencija, kao i
12. drugi poslovi iz delokruga rada Agencije po odluci Saveta.
U Sektoru za pravne poslove obavljaju se sledeći poslovi:
1. normativno-pravni poslovi na:izradi tarifnih sistema za obračun električne energije i prirodnog gasa za tarifne kupce i za pristup i korišćenje sistema za prenos, transport i distribuciju energije i skladištenje prirodnog gasa, izradi metodologija, kriterijuma i drugih pravnih akata za čije donošenje je ovlašćena Agencija, izradi odluka i drugih pravnih akata za davanje saglasnosti na pravila o radu operatora sistema, davanje mišljenja na akta kojima se utvrđuju cene energije i o primeni akata koje donosi Agencija, učestvovanje u izradi akata obligaciono-pravnog karaktera zaključenih u okviru redovnog poslovanja Agencije (ugovori, sporazumi,poravananja i sl.), kao i praćenju njihovog izvršavanja , poslove vezane za praćenje propisa koji imaju neposredno značaj ili su od posrednog uticaja za rad Agencije i davanje stručnih mišljenja radi obaveštavanja Saveta i zaposlenih u Agenciji;
2. upravni i drugi pravni poslovi koji se odnose na: izdavanje i oduzimanju licenci, odlučivanje po žalbama izjavljenim na akta energetskih subjekata o odbijanju priključka na sistem, odlučivanje po žalbama izjavljenim na akte operatora sistema o odbijanju pristupa na sistem za prenos, transposrt i distribuciju energije, odnosno skladištenje prirodnog gasa, pripremu pravnih akata o utvrđivanju uslova za sticanje statusa kvalifikovanog kupca, poslove vezane za radno-pravne odnose i ljudske resurse i druge pravne poslove vezane za rad Agencije i Saveta Agencije;
3. sistemsko-pravni poslovi na: pripremi analitičke osnove za utvrđivanje pravnog okvira za regulisanje pitanja i odnosa iz delokruga rada Agencije, analizi propisa Evropske unije iz oblasti energetike, sporazuma i drugih akata obligaciono-pravnog karaktera zaključenih na regionalnom nivou ili između energetskih subjekata, izradi dela programa rada Agencije, izveštaja o radu, finansijskog plana i drugih akata sa stanovišta sistemsko pravnih rešenja i njihove pravne obrade i drugi pravni poslovi koji se obavljaju u procesu rada i poslovanja Agencije;
4. zastupanje Agencije u sporovima pred sudovima i drugim državnim oraganima,
5. pružanje stručne pomoći energetskim subjektima u okviru prava i dužnosti Agencije utvrđenih zakonom, kao i
6. drugi poslovi iz delokruga rada Agencije po odluci Saveta.
U Sektoru za organizacione i opšte poslove obavljaju se sledeći poslovi:
1. izrada pravilnika, odluka, uputstava, smernica i drugih pravnih akata kojima se uređuje rad i poslovanje Agencije, ostvaruju prava i obaveze zaposlenih iz radnog odnosa, sprovode propisi iz oblasti rada i zaštite zdravlja na radu, priprema i sprovodi postupak javnih nabavki, upravljanje kadrovima,
2. odnosi sa javnošću,
3. priprema materijala koji se razmatraju na sednicama Saveta Agencije i izvršavanje operativnih i drugih administrativnih poslova za potrebe rada Saveta Agencije,
4. razvoj, implementacija i održavanje informacionog sistema, održavanje i unapređivanje softvera, tehnička podrška korisnicima sistema i izrada i održavanje veb-stranice Agencije,
5. javne nabavke,
6. uspostavljanje i vođenje evidencija prijema podnesaka, njihovo klasifikovanje i raspoređivanje organizacionim jedinicama, arhiviranje predmeta po završetku obrade, ekspedicija donetih akata podnosiocima zahteva, odnosno subjektima na koje se odnose,
7. računovodstveno-finansijski poslovi za potrebe Agencije,
8. sprovođenje postupka objavljivanja akata koji podležu, prema Statutu ili po odluci Saveta Agencije javnom objavljivanju,
9. organizovanje kurirske službe,
10. organizovanje, evidentiranje i čuvanje propisa, sudkse prakse, stručnih publikacija i drugih stručnih materijala i obavljanje drugih administrativnih poslova,
11. drugi poslovi iz delokruga rada Agencije po odluci Saveta.